lunes, 16 de julio de 2012

El análisis de 116 exomas será útil en 24 enfermedades raras - DiarioMedico.com

El análisis de 116 exomas será útil en 24 enfermedades raras - DiarioMedico.com

El Ciberer y el CNAG unen fuerzas

El análisis de 116 exomas será útil en 24 enfermedades raras

La secuenciación y el análisis de 116 exomas correspondientes a casos de 24 enfermedades raras o grupos de patologías permitirá descubrir nuevos genes responsables de enfermedades mitocondriales, metabólicas hereditarias, neuromusculares y neurosensoriales.
Javier Granda Revilla. Barcelona   |  16/07/2012 00:00


Mónica Bayés
Mónica Bayés, del CNAG, en Barcelona. (Rafa M. Marín)


El Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Raras (Ciberer), dependiente del Instituto de Salud Carlos III, y el Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG) -en el Parque Científico de Barcelona- han iniciado una colaboración para la secuenciación y análisis de 116 exomas correspondientes a casos de 24 enfermedades raras o grupos de patologías. El objetivo es descubrir nuevos genes responsables de enfermedades mitocondriales, metabólicas hereditarias, neuromusculares y neurosensoriales.

El CNAG, como centro de secuenciación genómica de referencia, dispone de la tecnología más avanzada en este campo, lo que permite la realización de secuenciaciones de genomas y exomas a gran escala. Por su parte, el Ciberer coordina los esfuerzos de 60 grupos diferentes dedicados al estudio de enfermedades poco frecuentes, aquéllas cuya prevalencia es inferior a cinco casos por cada 10.000 individuos.
  • Hay aproximadamente 6.000 enfermedades raras descritas y además son graves, pero apenas en la mitad se conoce realmente la mutación causante
"Son enfermedades, en general, poco conocidas para el público. Pero, en su totalidad, tienen un impacto elevado: son muchas, hay aproximadamente 6.000 descritas y además suelen ser graves, pero apenas en la mitad se conoce realmente la mutación causante", ha recordado Mónica Bayés, gerente de programas del CNAG y responsable de colaboraciones externas del centro.

Por este motivo, el Ciberer ha puesto en marcha una iniciativa para identificar las numerosas enfermedades en las que se ignora el defecto genético. Como ha indicado la investigadora, "la tecnología de secuenciación ha evolucionado en los últimos tiempos y permite secuenciar ahora de forma rápida y relativamente barata todo el genoma y el exoma".


Técnicas previas

El procedimiento que se realizaba hasta ahora comenzaba cuando el clínico detectaba una serie de síntomas y, en función de lo encontrado en la literatura médica, determinaba que el síndrome podría deberse a mutaciones en unos genes en concreto, que eran secuenciados. Ahora, la tecnología permite la secuenciación del genoma completo para comprobar qué genes están mutados.
  • Es difícil seleccionar cuál de estos 20.000 cambios que se han descrito está verdaderamente implicado en la patología
"El Ciberer, en esta convocatoria, ha propuesto abordar una serie de enfermedades raras con estos nuevos métodos, en estudios piloto en 160 pacientes: el gen más obvio ya se ha revisado y se ha visto que no estaba mutado, por lo que con la nueva tecnología de secuenciación revisaremos todos los genes, tratando de identificar la mutación en el mayor número de casos posibles".

El proyecto, dirigido por Ivo Gut, director del CNAG, acaba de finalizar su fase experimental y de análisis primario de los datos. Tras seleccionar los genes y la parte que codifica las proteínas en el conjunto del genoma (apenas un 1-2 por ciento del total) con un protocolo de captura, se secuencia el exoma. Posteriormente se han revisado los resultados con los estándares requeridos y se ha comparado la secuencia de un determinado individuo con el genoma de referencia.


Variantes
"Tras compararlo, identificamos las variantes. La sorpresa es que hay miles de ellas respecto al genoma de referencia: cada uno de nosotros tenemos 20.000 sólo en los genes. Y muchas alteran la proteína porque cambian un aminoácido o hacen que la proteína sea más corta, pero no influyen en la función. Sin embargo, es más difícil seleccionar cuál de estos 20.000 cambios está verdaderamente implicado en la patología.

Nosotros lo hemos hecho en todos los individuos y hemos comenzado a realizar unos filtrados en estos cambios, para saber cuáles realmente causan un efecto deletéreo y potencialmente patogénico sobre la proteína; y cuáles, además, no han sido descritos antes".

De este modo, los profesionales del Ciberer disponen ahora del listado completo de variantes y su ubicación en los genes y están analizando los datos. Como ha recalcado su director científico, Francesc Palau, "es una de las primeras iniciativas de esta magnitud llevada a cabo en nuestro país en el marco de la medicina genómica y la primera en el campo de las enfermedades raras".

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